Gailestingojo Jėzaus paveikslas patyrė spalvingą istoriją, kol XXI a. pradžioje pagaliau atrado deramą vietą Dievo Gailestingumo šventovėje. Nutapytą paveikslą kunigas Mykolas Sopočka parsinešė į savo butą, o nuo 1934 m. rudens pakabino seserų bernardinių vienuolyno prie Šv. Mykolo bažnyčios, kurios rektoriumi pats buvo, koridoriuje. Jėzus, pasirodęs seseriai Faustinai, prašė perkelti paveikslą į jam skirtą garbingą vietą bažnyčioje virš centrinio altoriaus.
Tam M. Sopočka turėjo prašyti vyskupo R. Jalbrzykovskio leidimo ir baiminosi jo negauti. Hierarchas vis dar skeptiškai vertino sesers Faustinos regėjimus, todėl priešinosi kunigo siūlymui kreiptis į Apaštalų Sostą ir paskelbti Dievo gailestingumo šventę per Atvelykį. Pats vengęs priimti sprendimą leisti viešai pakabinti drobę, paragino sudaryti komisiją, kurios nutarimu 1937 m. balandžio 4 d., per Atvelykį, paveikslas atsidūrė Šv. Mykolo bažnyčioje, šalia didžiojo altoriaus.
Deja, gyvendama Vilniuje Faustina šito nesulaukė. Jau ligos varginama 1936 m. kovą vyresniųjų buvo perkelta atgal į Lenkiją, kur po poros metų, sulaukusi vos 33-ejų, mirė. Seseriai Faustinai mirus, buvo perskaitytas jos Dienoraštis ir atskleista visa Dievo gailestingumo apreiškimo paslaptis.
1948 m. rugpjūtį Vilniaus Šv. Mykolo bažnyčia okupacinės valdžios buvo uždaryta, seserų bernardinių vienuolynas panaikintas, o inventorius pervežtas į Šv. Dvasios bažnyčią ir pakabintas buvusio domininkonų vienuolyno koridoriuje. Gailestingojo Jėzaus paveikslas liko Šv. Mykolo bažnyčioje ir tik po kelių metų dvi pamaldžios vilnietės – Bronė Miniotaitė ir Janina Rodzevič – paveikslą išpirko iš bažnyčios sargo ir į tūtą suvyniotą paslėpė palėpėje, kad galėtų išlaukti tam tikrą, pavojingiausią laiką. Paskui jos perdavė paveikslą Šv. Dvasios bažnyčios klebonui, kunigui Janui Elertui, kuris nebuvo suinteresuotas nei saugoti, nei eksponuoti paveikslo – paslėpė jį bažnyčios užnugaryje esančiame archyve. Taip pat norėta išgabenti atvaizdą į Lenkiją, tačiau sutrukdė ne vien griežta Sovietų Sąjungos pasienio kontrolė. Žmogus, pažadėjęs nelegaliai pervežti paveikslą per sieną, paskutinę akimirką apsigalvojo. „Man atrodė, kad padarysiu šventvagystę“, – vėliau prisipažino jis.
Vis dėlto, 1956 m. Gailestingojo Jėzaus paveikslas buvo išvežtas iš Lietuvos. Jį iš Šv. Dvasios klebono išsiprašė M. Sopočkos bičiulis Juzefas Grasevičius, po kelerių sovietinio lagerio metų grįžęs į Vilnių. Gavęs leidimą tęsti ganytojo darbą Baltarusijoje, netoli Gardino, Naujosios Rūdos bažnytėlėje, ten išsivežė ir paveikslą. Po poros metų iš šios parapijos iškėlus kunigą, žmonės toliau lankė paveikslą ir prie jo meldėsi. 1970 m. valdžia bažnyčią uždarė ir išgabeno visą jos inventorių. Gailestingojo Jėzaus paveikslas per stebuklą liko nepaliestas. Turbūt apsaugojo ir tai, kad paveikslas buvo pakabintas neįprastai aukštai, beveik palubėje. Jis šioje bažnyčioje prieglobstį rado 30 metų. Tačiau kunigo Mykolo Sopočkos rūpestis dėl paveikslo likimo neapleido jo iki pat mirties. Jis daugybę kartų siuntė pasitikėjimo kupinus prašymus, kad paveikslas būtų pervežtas į Vilnių. Kelių kunigų, tuometinio Aušros vartų vikaro Tadeušo Kondrusievičiaus ir Gardino vyskupo Aleksandro Kaškievičiaus, pastangomis 1986 m. rudenį Gailestingojo Jėzaus atvaizdas slapta pargabentas į Vilnių. Mykolo Sopočkos noro, kad paveikslas būtų pakabintas Aušros Vartuose, neįmanoma buvo įgyvendinti. Jis vėl patikėtas saugoti Šv. Dvasios bažnyčiai, – per remontą atsiradęs naujas paveikslas valdžios įtarimų nesukėlė. Pakabintas bažnyčios dešinėje, šoniniame altoriuje priešais sakyklą paveikslas saugotas iki 2005 m.
2003 m. pavasarį profesionali restauratorė Edita Hankovska-Červinska nuo atvaizdo pašalino ankstesnių konservavimų bei pertapymo pėdsakus, taigi dabar paveikslas yra būtent toks, kokį 1934 m. Faustinos prižiūrimas nutapė E. Kazimirovskis.
1993 m., praėjus keliems mėnesiams po sesers Faustinos beatifikacijos, prie paveikslo meldėsi popiežius Jonas Paulius II. Jis paveikslą pavadino „Šventuoju Atvaizdu“. 2005 m. rugsėjo 28 d. Gailestingojo Jėzaus paveikslas perkeltas į restauruotą Švč. Trejybės bažnytėlę, kuriai suteiktas Dievo Gailestingumo šventovės titulas.
